Ce territoire est constitué de 5 archipels, dinstincts par le type d'ile qui les compose. Ces iles sont géologiquement très jeunes et aucune d'entre elles n'a été foulée par les dinosaures puisqu'elles datent, pour la plupart, de quelques millions d'années seulement. Ce sont des iles d'origine volcanique, puisque cette région du globe est un point de rencontre entre des plaques tectoniques qui avancent les unes vers les autres, a un rythme de quelques centimètres par année. Le point de rencontre entre ces plaques constitue une faille, point faible par ou la lave peut plus facilement s'échapper et former un volcan.
Heureusement, les iles de la Polynésie sont aujourd'hui toutes volcaniquement parlant inactives, et une riche végétation recouvre les flancs des montagnes au relief spectaculaire sur lesquels se déversent annuellement plusieurs mètres de pluie. D'un archipel a l'autre, on peut constater un degré d'évolution géologique différent. L'archipel des iles de la Société, duquel fait partie des iles comme Tahiti, Moorea ou Bora-Bora, est essentiellement composé d'iles très montagneuses qui sont entourées en partie d'un anneau coralien qui amoindrit la force des vagues de la mer. Cela rend l'eau, située entre le rivage de l'ile et la barriere de corail, extremement calme et limpide, puisque les sédiments peuvent se déposer au fond. Ces lagons aux couleurs magiques forment des endroits parfaits pour la baignade et il est possible d'y observer plusieurs espèces de poissons.
L'archipel des Tuamotus est composé uniquement d'atolls. Ce fut Charles Darwin, lors de son expédition a bord de Beagle, qui énonca le premier l'hypotèse encore retenue aujourd'hui pour expliquer la facon dont les atolls se forment. Il y a plusieurs millions d'années, ces iles ressemblaient aux iles de la Société, c'est a dire qu'il y avait une ile, d'origine volcanique, autour de laquelle s'est formé une barrière de corail. Ensuite, ces iles disparurent peu a peu, en partie due a l'érosion mais surtout du au tassement du sol lui-meme. Pendent ce temps, la barrière de corail qui entoure chacune de ces iles continue a se développer pour éventuellement donner l'anneau de terre émergée et fertile, sur lequelle finit par s'établir une végétation luxuriante. Ce sont ces immenses anneaux, pas toujours circulaires ni continus, qui forment les iles de l'archipel des Tuamotus. Rangiroa, le plus grand des atolls des Tuamotus, atteint une dimension de 75 Km x 26 Km, ce qui en fait le second plus grand au monde. Avec une telle taille, le lagon qui se trouve en son centre est parfois aussi agité que la mer, dépendant de l'orientation et de la force des vents.
Les iles de l'archipel des Marquises, beaucoup plus a l'écart des autres archipels (voir la carte), sont dépourvues de barrière de corail. Ce sont des iles extremement montagneuses, au relief spectaculaire et entourées de falaises impratiquables. La plupart des villages cotiers de ces iles sont établis au fond de baies, la ou le relief, moins accidenté, rend l'établissement d'infra-structures portuaires possible. On retrouve beaucoup de sable noir, d'origine volcanique, autour de ses iles. En raison de l'absence de barrière de corail, l'eau, plus profonde et toujours en mouvement, donc davantage chargée de sédiments, n'offre pas les memes teintes azur et turquoize des lagons des iles de la Société ou des Tuamotus. Malgré le fait que ces iles soient beaucoup plus près de l'équateur, l'eau n'y est pas plus chaude qu'a Tahiti. Cela est du au fait que le relief sous-marin de cette région propulse les masses d'eau provenant des profondeurs, donc plus fraiches, vers la surface.
fond desquelles, seulement, le débarquement est posible.
